Tout commence dans le pays de Clow, où vit la princesse Sakura qui est secrètement amoureuse de son ami d'enfance : Shaolan le jeune archéologue. Ce qu'elle ignore c'est que ce sentiment est réciproque. La princesse possède des pouvoirs très puissants. Un jour, elle va voir son ami sur un site. Elle y voit un dessin qu'elle a déja vu dans ses rêves. Ce dessin réagit au touché de Sakura. Mais des enmis attaquent, pendant ce temps au sous-sol des ailes
pousse dans le dos de Sakura. Les plumes de ses ailes s'éparpillent dans différentes dimensions. "Ces plumes était de l'âme de Sakura"explique le prêtre Yukito à Shaolan. Si elle ne les récupère pas, elle risque de mourir. Shaolan décide de l'aider et va être envoyer par Yukito chez la sorcière des dimensions pour que celle-ci l'aide.
Pendant ce temps dans un autre monde, qui est le Japon, l'on fait la connaissance de Kurogané, qui est ninja sans pitiée au service de la princesse Tomoyo. Il tue sans aucune raison et la princesse Tomoyo lui en veut pour ça. Cette dernière va l'envoyer chez la sorcière des
dimensions, mais avant ca elle va lui jetter un sort pour qu'il ne puisse tuer personne sans raison valable. Et si il le fait alors il perda une patie de sa force. Voilà comment Kurogané se retrouve chez la sorcière des dimensions.
Au pays de Seles, Fye un magicien décide de partir dans une autre diemnsion. Le roi de son pays est plongé dans un profond sommeil et Fye charge Chii, une créature (à l'apparence d'une fille) qu'il a crée, de le prévenir si le roi se réveillait.
Voilà comme Shaolan, Fye et Kurogané se retrouvent chez la sorcière des dimensions. C'est le début d'un belle amitiée et d'une aventure risquée.